单菌全基因组测序检测

原创发布者：北检院发布时间：2025-04-09 点击数：

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<!DOCTYPE html> <html> <head> <title>单菌全基因组测序检测技术解析与应用</title> <meta charset="UTF-8"> </head> <body> <h1>单菌全基因组测序检测技术解析与应用</h1> <h2>导语</h2> 单菌全基因组测序（Whole Genome Sequencing, WGS）是一种通过对单一微生物菌株的完整基因组进行高通量测序，揭示其遗传信息、功能基因及进化特征的核心技术。本文从检测样品、项目、方法及仪器角度，系统阐述其应用流程。 <h2>检测样品</h2> 适用于细菌、古菌或真菌的纯培养菌株。样品需满足DNA纯度（OD260/280=1.8-2.0）、浓度≥20 ng/μL且基因组完整性高。常见样本类型包括环境分离菌株、临床病原菌及工业发酵菌种。 <h2>检测项目</h2> 核心分析内容包括：基因组从头组装与注释、毒力因子鉴定、抗生素耐药基因筛查、次级代谢产物合成基因簇预测、核心/泛基因组分析及系统发育树构建。可选附加服务涵盖CRISPR序列识别、质粒图谱绘制及表型-基因型关联分析。 <h2>检测方法</h2> 采用Illumina短读长测序与Nanopore/Oxford Nanopore长读长测序相结合的混合组装策略。实验流程分为四阶段：①超声破碎法制备350 bp插入文库；②Illumina平台双端测序（2×150 bp）；③Nanopore连续测序获取>10 kb读长；④SPAdes软件进行混合组装优化。 <h2>检测仪器</h2> 主要设备包括：Illumina NovaSeq 6000高通量测序仪（通量18-44 Tb/run）、Oxford Nanopore PromethION（实时单分子测序）、Qubit 4.0荧光定量仪（DNA精准定量）及Covaris M220聚焦超声仪（片段化控制）。质控阶段使用Agilent 4200 TapeStation进行DNA完整性评估。 <h2>结语</h2> 单菌全基因组测序为微生物分类鉴定、致病机制研究和工业菌种改良提供分子基础。本检测方案通过多平台数据整合，显著提升基因组组装完整度（N50>200 kb），支持菌株水平的精准分子诊断与功能挖掘。 </body> </html>